Γεννήθηκε το 1793 στα Ψαρά (αρχεία Ναυτικού) όπου και μεγάλωσε. Ήταν το μικρότερο παιδί του Ψαριανού Δημογέροντα Μιχαήλ Κανάριου και της Μαρώς (το γένος Μπουρέκα) Έμεινε πολύ μικρός ορφανός από πατέρα και έτσι άρχισε να δουλεύει σε πλοία συγγενών του, κυρίως σ' αυτό του θείου του Μπουρέκα.Στις 2 Σεπτεμβρίου 1877, χτυπημένος από ημιπληγία, πεθαίνει από ανακοπή καρδιάς ,όντας εν ενεργεία πρωθυπουργός.
Τον Ιούνιο του 1822, αφού ο ελληνικός στόλος δεν κατάφερε να σώσει τη Χίο από την τουρκική σφαγή, ο Κανάρης ανέλαβε να βάλει μπουρλότο στη ναυαρχίδα του Καρά Αλή, του επικεφαλής του στρατού που έσφαξε τους κατοίκους και έκαψε το νησί. Την επιχείρηση θα εκτελούσαν τα πυρπολικά του Κανάρη και του Ανδρέα Πιπίνου. Στο εγχείρημα βοήθησαν δύο παράγοντες: αφενός ότι η νύχτα ήταν πολύ σκοτεινή καθώς δεν είχε φεγγάρι και αφετέρου ότι στο κατάφωτο κατάστρωμα της ναυαρχίδας οι περίπου 2.000 Τούρκοι γιόρταζαν το Μπαϊράμι κι έτσι τα μέτρα φρούρησης ήταν ελλιπή. Η φωτιά απ' το μπουρλότο μεταδόθηκε ταχύτατα στο καράβι. Πριν προλάβουν να απομακρυνθούν απ' αυτό οι πρώτες σωστικές λέμβοι, η φωτιά έφτασε στην πυριτιδαποθήκη, η οποία ανατινάχθηκε. Ως αποτέλεσμα τα θύματα ήταν πάρα πολλά. Μεταξύ αυτών ο ναύαρχος Καρά Αλής, αξιωματικοί του και πολλοί ναύτες. Το πυρπολικό του Πιπίνου προσέγγισε την υποναυαρχίδα αλλά δεν κατάφερε να την καταστρέψει. Της προκάλεσε όμως αρκετές ζημιές.
Η ανατίναξη της τουρκικής ναυαρχίδας υπήρξε ένα από τα χαρακτηριστικότερα γεγονότα του κατά θάλασσαν αγώνα, έκανε δε πολύ μεγάλη εντύπωση στην Ευρώπη. Χρησιμοποιώντας σημερινή ορολογία, θα λέγαμε ότι βοήθησε επικοινωνιακά πολύ την Επανάσταση. Τόσο μεταξύ των επαναστατημένων Ελλήνων όσο και μεταξύ των Ευρωπαίων, ο Κανάρης πλέον ήταν ήρωας.
Η δράση του βεβαίως συνεχίσθηκε καθώς συνέχισε με μεγαλύτερη αποφασιστικότητα τον αγώνα. Ο Κακλαμάν Πασάς Μεχμέτ τοποθετήθηκε νέος ναύαρχος στη θέση του Καρά Αλή. Τον Οκτώβριο του 1822 βγήκε με το στόλο του στο Αιγαίο για να ανεφοδιάσει τα τουρκικά φρούρια στην Πελοπόννησο και να καταστείλει την Επανάσταση στα νησιά. Αγκυροβόλησε στην Τένεδο. Αλλά στις 29 Οκτωβρίου 1822, ο Κανάρης, συνοδευόμενος από το Δημήτριο Βρατσάνο, πέρασε ανάμεσα από τον τουρκικό στόλο και μην μπορώντας να προσεγγίσει το πλοίο του ναυάρχου, την καπουδάνα, κόλλησε το πυρπολικό του στην αντιναυαρχίδα «Ρίαλα-Γεμισί» και την τίναξε στον αέρα. Έχασαν τη ζωή τους 800 μέλη του πληρώματος, Τούρκοι αλλά και Χριστιανοί ναύτες που υπηρετούσαν στον οθωμανικό στόλο. Ο Κακλαμάν Πασάς Μεχμέτ σήκωσε άγκυρα και κατέφυγε με τη βοήθεια ούριου ανέμου στο Τσανάκ-Καλεσί, στον Ελλήσποντο.
Δύο γεγονότα καταδεικνύουν τη συμβολή του Κανάρη ως πολιτικού άνδρα στη Νεώτερη Ελληνική Ιστορία: γίνεται ο πρώτος που συμπληρώνει 4 πρωθυπουργίες (1864) από την πλήρη εφαρμογή Συντάγματος στη χώρα το 1844 (όπως και ο Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος 10 χρόνια νωρίτερα, με τις δύο όμως πρώτες κατά την Απόλυτη Μοναρχία του βασιλιά Όθωνα Α΄) και βασικά ο μόνος πρωθυπουργός που επί των ημερών του η Βουλή ψηφίζει ή αναθεωρεί το Σύνταγμα της Ελλάδας δυο φορές, το 1844 και το 1864 (τα δυο δικτατορικά Συντάγματα επί Γεωργίου Παπαδόπουλου αφενός δεν ψηφίστηκαν από Βουλή, παρά επικυρώθηκαν με τα νόθα δημοψηφίσματα των 1968 και 1973, αφετέρου το τελευταίο έπαψε αυτοδίκαια να ισχύει με την πτώση της Χούντας των Συνταγματαρχών).
Είχε παντρευτεί τη Δέσποινα Μανιάτη.
Παιδιά τους ήταν:
Νικόλαος Κανάρης, γεννήθηκε το 1818, στάλθηκε με ειδική αποστολή στη Βηρυτό, σκοτώθηκε το 1848 Θεμιστοκλής Κανάρης, γεννήθηκε το 1819, στάλθηκε στην Αίγυπτο με ειδική αποστολή, σκοτώθηκε το 1851 Θρασύβουλος Κανάρης, γεννήθηκε το 1820, κατατάχθηκε στο Ναυτικό, έγινε ναύαρχος, πέθανε το 1898 Μιλτιάδης Κανάρης, γεννήθηκε το 1822, κατατάχθηκε στο Ναυτικό όπου διακρίθηκε, έγινε ναύαρχος, έβγαινε πολλά χρόνια βουλευτής, έγινε τρεις φορές υπουργός Ναυτικών το 1864, το 1871 και το 1878, πέθανε το 1901 Λυκούργος Κανάρης, γεννήθηκε το 1826, ναυτικός αξιωματικός και δικηγόρος, πέθανε το 1865 Μαρία Κανάρης, γεννήθηκε το 1828, παντρεύτηκε τον Α. Μπαλαμπάνο, πέθανε το 1847 Αριστείδης Κανάρης, γεννήθηκε το 1831, ήταν αξιωματικός και σκοτώθηκε στις ταραχές του 1863 έξω από τον οικίσκο των ανακτόρων στην οδό Ηρώδου του Αττικού.
Μέσα σε 18 χρόνια ο Κανάρης έχασε σε νέοτατες ηλικίες (19 έως 39) τα 5 από τα 7 παιδιά του, με 3 από τους γιους του να σκοτώνονται, οι 2 εκ των οποίων σε ξένη γη.